Za ostvarivanje svoje svrhe Vijeće ima ova povjerenstva:
- Povjerenstvo za duhovnost
- Povjerenstvo za Zlatnu harfu
- Povjerenstvo za studijsku i izdavačku djelatnost.
Povjerenstva djeluju prema vlastitim pravilnicima odobrenim od Vijeća te u suglasnosti s Vijećem i samo u okviru opće svrhe Vijeća.
Vijeće može po potrebi osnivati i nova povjerenstva ili dokinuti postojeća.
Osim povjerenstava Vijeće ima
Franjevački institut za kulturu mira
sa sjedištem u Splitu. Institut, u duhu karizme sv. Franje, promiče socijalnu pravednost, mir i skrb za sve stvoreno. Institut se ravna prema vlastitom Statutu, koji odobrava Vijeće.